(一)、医师视情况施打局部麻药。根管治疗可能会有疼痛的情况，一般而言若牙髓已经坏死，治疗过程应该不会疼痛，若有疼痛者，会给与局部麻醉控制。通常第一次治疗需要施打局部麻醉药，后续的治疗大都不需使用。

(二)、以橡皮帐隔离患齿，移除蛀掉的部分，进行髓腔开扩。

(三)、以药水冲洗牙根管，经一次或多次治疗后再将牙根管封填。

(四)、过程中会照射数张口内X光片，每次治疗结束时医师会将牙齿窝洞临时填补,避免口腔细菌感染。

(五)、每次治疗时间为一小时至一小时三十分，依牙齿部位及发炎程度，有不同的治疗次数。

(六)、若是根管较复杂不易清创，或有根管钙化、弯曲、穿孔等现象，经医师评估必要时建议自费使用显微镜等精密仪器来辅助根管治疗。